1、用人单位扣留离职员工的档案一般是不合理的。员工可以与单位协商；协商不成的，可向劳动行政部门举报、投诉，由劳动行政部门责令单位退还给员工本人，并依照有关法律规定给予其处罚。
2、《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条
用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。