1、建设单位不可以对施工企业罚款。
2、罚款属于行政处罚的一个种类，因此，有权罚款的机关只能是行政执法部门，《行政处罚法》还对有权作出罚款处罚的机关及其罚款的限额和罚款的程序等进行了严格的规定，作为工程的发包方，不具有行政执法部门的职能，无权对承包方进行罚款。
3、其次，合同当事人的法律地位平等，一方不得将自己的意志强加给另一方。即使合同中约定了对施工企业进行罚款的条款，作为平等关系的合同一方建设单位，也不能对施工企业进行罚款。在民事活动中，一方当事人对另一方当事人处以罚款，不受法律保护。