买房协议上甲方盖的公章不清晰，一般也是有效的。
法律依据：《民法典》
第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第四百九十条第一款当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
第五百零二条依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。