部队离婚证明的开具流程如下：先经军人一方同意，再由离婚双方签字或提供本人书面意见。然后，双方共同申请请政治机关可出具证明同意离婚团级以上单位政治机关出具同意离婚的证明即可。
根据《民法典》第一千零八十一条规定，现役军人的配偶要求离婚，应当征得军人同意，但是军人一方有重大过错的除外。