违法所得没收的程序是：
1、由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院，向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。
2、法院审查、受理。
3、犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人参加诉讼。
4、公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。
5、在审理没收违法所得过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。